Klasztor augustianów-eremitów
Stacjonarne badania wykopaliskowe na terenie dawnego klasztoru augustianów-eremitów rozpoczęto się w 2005 r. Były one konsekwencją przeprowadzonych rok wcześniej interwencyjnych badań archeologicznych przy przebudowie sieci cieplnej z przyłączami do budynków mieszkalnych przy ul. Klasztornej, Wita Stwosza, Bolesława Chrobrego i Portowej, podczas których natrafiono na pozostałości po pracach rozbiórkowych przy klasztorze wraz z licznym materiałem zabytkowym.
Rozpoczęta w poł. XIII wieku budowa kościoła i klasztoru zakończona została na początku wieku XIV. Powstałe w tym czasie założenie przetrwało z niewielkimi zmianami do 1 poł. XVII stulecia.
Efektem prac w latach 2005 - 2009 było pozyskanie nie tylko licznych obiektów ruchomych (ceramika, drewno, skóry, metale, numizmaty), ale i ustalenie formy i zasięgu kościoła klasztornego oraz częściowo zabudowy klasztornej. Przebadano ponadto szereg pochówków oraz dwie krypty grzebalne, w tym kryptę rodu von Krockow. Pod reliktami średniowiecznego kościoła klasztornego odsłonięto pozostałości starszej, pochodzącej z końca XII w. świątyni związanej z osadą targową (kościół nie jest wzmiankowany w żadnych znanych źródłach historycznych). W pobliżu wschodniego skrzydła klasztornego natrafiono natomiast na pozostałości portu rzecznego z XIII/XIV w. Podsumowaniem trzech sezonów prac badawczych była otwarta w maju 2008 r. wystawa zatytułowana „Handel, religia, nauka, czyli stargardzki klasztor augustianów w świetle badań archeologicznych” oraz konferencja międzynarodowa „INTRA ET EXTRA CLAUSURAM. Klasztor w średniowiecznym mieście północnej Europy”.
Pod koniec września 2010 roku zakończono ostatni już V sezon badań archeologiczno-architektonicznych na terenie dawnego klasztoru augustianów-eremitów (stan. 11a). W pracach brali udział pracownicy Muzeum oraz studenci z Uniwersytetów poznańskiego i szczecińskiego. Prace wykopaliskowe prowadzone były przy ul. Klasztornej. W obecnym sezonie przebadano dwa wykopy: VI i VII o łącznej pow. 56 m², ich wytyczenie zostało podyktowane wynikami prac w wykopach IV i V z badań zeszłorocznych i miało na celu ustalenie zabudowy klasztornej oraz zlokalizowanie cmentarza przyklasztornego.
W wykopie VI natrafiono na pozostałości dwóch fundamentów kamienno – ceglanych oraz na zniszczoną posadzkę. Natomiast w wykopie VII natrafiono na pozostałości bruku z czasów funkcjonowania Collegium Groeningianum. Nie zlokalizowano natomiast cmentarza przyklasztornego, który prawdopodobnie mógł znajdować się bardziej na zachód od wytyczonego wykopu.
Efektem prac pięciu sezonów było pozyskanie nie tylko licznych obiektów ruchomych (takich jak: ceramika, kości zwierzęce, przedmioty metalowe, kościane, drewniane oraz skórzane), ale i ustalenie formy i zasięgu kościoła klasztornego oraz częściowo zabudowy klasztornej. Przebadano ponadto szereg pochówków oraz dwie krypty grzebalne, w tym kryptę rodu von Krockow (zachowało się drewniane wieko trumny – obecnie po konserwacji).