Badania archeologiczno-architektoniczne na miejscu dawnej kaplicy św. Jakuba prowadzone są wspólnie przez Katedrę Archeologii Instytutu Historii i Stosunków Międzynarodowych Uniwersytetu Szczecińskiego i Muzeum Archeologiczno-Historyczne w Stargardzie. Przed kompleksem Bramy Wałowej, na przedmieściu, wzniesiono przed 1490 r. kaplicę pw. św. Jakuba. O jej formie architektonicznej nie mamy żadnych informacji. Zachował się do dziś dokument odpustowy, wystawiony w 1490 r. przez dziesięciu kardynałów z Roderykiem biskupem Porto i Santa Rufina, czyli Rodrigiem Borgia, późniejszym papieżem Aleksandrem VI na czele. W 1498 r. przewodniczący kościoła Heinrich Pammyn darował pewne sumy świątyni. Dzwon należący do kaplicy wisiał w sygnaturce Bramy Wałowej, gdzie dzwoniono przez rozpoczęciem mszy. Po zniszczeniu kaplicy, prawdopodobnie w czasie wojny trzydziestoletniej, dzwon przeniesiono do wolnostojącej dzwonnicy usytuowanej na przyległym do dawnej kaplicy cmentarzu. Na widoku miasta umieszczonym na bordiurze mapy Pomorza Eilharda Lubinusa (1618 r.) widoczny jest mur cmentarny z bramą usytuowaną od strony południowo-wschodniej. 

Niestety widok nie obejmuje kaplicy. Na planach miasta, pochodzących z końca XVII i początków XVIII w. zaznaczony został jedynie zarys parceli cmentarnej na której stała niegdyś kaplica.

Obecnie teren dawnego cmentarza i kaplicy jest wyspą drogową pomiędzy ulicami Światopełka, Gdańską i M. Skłodowskiej – Curie.

W trakcie badań odsłonięto 75 grobów z 1 połowy XVIII wieku oraz kilkadziesiąt tysięcy przemieszanych kości ludzkich pochodzących ze zniszczonych lub naruszonych w wyniku ciągłego użytkowania niewielkiego obszaru cmentarza starszych pochówków. W związku z tak dużą ilością kości na wyniki szczegółowych analiz antropologicznych trzeba jeszcze poczekać. Na obecnym etapie prac nie znamy nawet przybliżonej liczby pochowanych, których przemieszane kości wydobyliśmy. Szacunkowo może ich być nawet około 300.
Już w trakcie trwania prac wykopaliskowych i po wstępnych oględzinach wydobytych szczątków możemy stwierdzić, że jest to bardzo cenny materiał poznawczy z wieloma ciekawostkami dotyczącymi stanu zdrowia, cech budowy, rodzaju wykonywanych prac, wyglądu czy wreszcie przyzwyczajeń lub nałogów. Jednym z takich przypadków jest prezentowana na zdjęciu czaszka nałogowego PALACZA.

Wieloletnie palenie tytoniu w jednorodnej fajce glinianej doprowadziło do specyficznego wytarcia zębów i pozostawienia otworu w zgryzie o średnicy odpowiadającej używanym fajkom. Poza tym możemy też stwierdzić, że ów mężczyzna wolał trzymać fajkę z lewej strony, w związku z czym prawą rękę miał wolną. Nie wiemy czy w wyniku nagminnego palenia, czy z innych nieznanych powodów stan jego uzębienia był delikatnie rzecz ujmując fatalny. Cierpiał na silną paradontozę oraz inne choroby przyzębia. Przez jakiś czas przed śmiercią jeśli nadal palił zmienił swoje nawyki. Obniżenie zębodołów oraz odsłonięcie szyjek zębowych nie pozwalało na utrzymanie fajki w „wypracowanym” przez lata otworze.

Jednym z wielu odkrytych zabytków ruchomych pozyskanych w trakcie badań wykopaliskowych jest fragment czarnoszkliwionego, renesansowego  kafla piecowego. W zachowanym narożniku płytki widoczna jest stopa, miara z podziałką i ława. Dzięki temu, iż twórcy matryc korzystali chętnie z ówczesnych wzorców graficznych jesteśmy w stanie zrekonstruować całe przedstawienie. Formierz przy wykonywaniu modelu korzystał zapewne z grafiki Georga Pencza powstałą w po 1541 r., a ukazującej jedną z Siedmiu Sztuk Wyzwolonych – Arytmetykę.

Arytmetyka była częścią kwadrywium, czyli jedną z czterech bardziej zaawansowanych nauk wchodzących w skład Siedmiu Sztuk Wyzwolonych, które wyodrębniono jeszcze w czasach rzymskich. Każda z nauk przedstawiana była w sztuce jako kobieca personifikacja z odpowiednimi atrybutami. Dla Arytmetyki były to tablice z cyframi, liczydła i liniały. Kafle renesansowe pochodzące z ok. połowy XVI w. na których znalazły się personifikacje Siedmiu Sztuk Wyzwolonych ukazane na postawie grafik Georga Pencza znane są również z innych miast pomorskich: Trzebiatowa (Dialektyka, Gramatyka) i Kalisza Pomorskiego (Dialektyka, Muzyka, Gramatyka, Retoryka). Ze starszych badań w Stargardzie pochodzą ponadto wyobrażenia Astrologii i Retoryki.

Kolejną "ciekawostką antropologiczną" jest czaszka  z odciętym (odpiłowanym) sklepieniem czaszki. Prezentowana czaszka, podobnie jak wcześniej prezentowana, pochodzi nie z grobu lecz z materiału przemieszanego z warstwy. Był to mężczyzna zmarły w przedziale wiekowym MATURUS (pomiędzy 35 a 55 rokiem życia). Co było powodem odpiłowania sklepienia – nie wiemy. Faktem jest, że jest to typowe cięcie sekcyjne wykonane dość niestarannie. Ślady po pile zachowane w wielu miejscach poniżej cięcia właściwego pozwalają sądzić, że nie wykonywała go osoba o „pewnej ręce”.

„Analogiczną czaszkę widziałem w trakcie prac kierowanych przez profesora Karola Piaseckiego w ossuarium pod głównym ołtarzem kościoła św. Jacka w Gdańsku” – wspomina Marcin Burdziej, archeolog – „Tam jednak znaleźliśmy sklepienie ze śladem po urazie zadanym tępym narzędziem na brzegu którego wykonano otwór trepanacyjny. Pacjent zmarł więc prawdopodobnie wykonano cięcie w celu oględzin rozległości urazu „od środka”. W przypadku prezentowanej czaszki stargardzkiej bez sklepienia nie ma podstaw do wysuwania na tym etapie jakichkolwiek hipotez”.